Par une décision du 28 avril 2026, le Conseil d’Etat apporte d’utiles précisions sur la mise en œuvre de la « clause de sauvegarde » permettant de soumettre à autorisation environnementale une installation relevant en principe du régime de l’enregistrement, lorsque la sensibilité du milieu le justifie.
Selon l’importance des risques et atteintes potentielles aux intérêts protégés par l’article L. 511-1 du Code de l’environnement, les installations classées pour la protection de l’environnement (ICPE) relèvent de régimes distincts : déclaration, enregistrement ou autorisation environnementale. Le régime de l’enregistrement, dit aussi « autorisation simplifiée » s’applique aux installations présentant des dangers ou inconvénients significatifs mais susceptibles, en principe, d’être prévenus par des prescriptions générales. Toutefois, l’article L. 512-7-2 du Code de l’environnement prévoit une faculté de basculement vers l’autorisation environnementale lorsque la sensibilité du milieu le justifie.
En l’espèce, le préfet du Morbihan délivre un arrêté d’enregistrement pour une unité de méthanisation traitant 90 tonnes par jour, soit à proximité du seuil de 100t/jour déclenchant le régime de l’autorisation. Des associations de protection de l’environnement contestent cet arrêté :
- Le Tribunal administratif de Rennes rejette la requête le 30 novembre 2023 ;
- La Cour administrative d’appel de Nantes annule, au contraire, l’arrêté, le 1er octobre 2024, estimant que le projet aurait dû relever de l’autorisation environnementale avec évaluation environnementale.
Le Conseil d’Etat est ainsi saisi d’un pourvoi formé par l’exploitant et par le ministre de la transition écologique, de l’énergie, du climat et de la prévention des risques.
La Haute juridiction administrative précise que le préfet doit, pour mettre en œuvre la « clause de sauvegarde » de l’article L. 512-7-2 du Code de l’environnement, apprécier le projet au regard des critères de l’annexe de l’article R. 122-3-1 du même code, issus de la directive 2011/92/UE du 13 décembre 2011 relative à l’évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur l’environnement.
Ces critères portent sur :
- Les caractéristiques des projets par rapport à la dimension, à la pollution et aux nuisances ;
- La localisation des projets / la sensibilité environnementale des zones géographiques susceptibles d’être affectées par le projet doit être considérée en tenant compte notamment de la richesse relative, la disponibilité des ressources naturelles de la zone, la capacité de charge de l’environnement naturel, en accordant une attention particulière aux zones suivantes : zones humides, rives, estuaires ;
- Types et caractéristiques des incidences potentielles / Les incidences notables probables qu’un projet pourrait avoir sur l’environnement C
Il en résulte une obligation d’examen in concreto du dossier, même en présence d’un projet relevant initialement de l’enregistrement.
La Cour administrative d’appel avait relevé un faisceau d’indices – une capacité proche du seuil d’autorisation, une implantation dans un environnement écologiquement sensible. En effet, l’installation était implantée sur des parcelles bordées de haies constituant un corridor écologique et l’habitat d’espèces protégées, à proximité de plusieurs zones naturelles d’inventaires écologiques, faunistiques et floristiques, d’une zone humide et en tête du bassin versant de l’Isole. La Cour a également retenu, concernant les incidences potentielles, que ces milieux naturels étaient très vulnérables aux pollutions, que la société avait sollicité une dérogation « espèces protégées » et que les informations fournies étaient insuffisamment précises pour garantir l’absence d’atteinte aux écosystèmes remarquables situés en aval.
Le Conseil d’Etat valide cette analyse et juge que la Cour a pu, sans erreur de droit ni dénaturation, considérer que le projet devait être soumis à autorisation environnementale. Autrement dit, la proximité des seuils combinée à la sensibilité du site et aux incertitudes sur les impacts justifie le recours à la clause de sauvegarde.
La décision précise en outre que le juge administratif peut surseoir à statuer pour permettre la régularisation d’un vice affectant une autorisation ICPE, y compris en matière d’enregistrement, sur le fondement de l’article L. 181-18 ou de ses pouvoirs de plein contentieux. En l’espèce, la Cour a refusé le sursis à statuer en raison de la gravité du vice, position qui a été validée par le Conseil d’Etat.
Cette décision rappelle aux porteurs de projet la vigilance à apporter aux dossiers d’enregistrement : documenter de manière approfondie le contexte environnemental, analyser précisément les incidences potentielles, même en deçà des seuils et anticiper un basculement possible vers l’autorisation environnementale. Pour l’administration, elle doit procéder à une appréciation circonstanciée des critères de l’annexe III de la directive précitée et mobiliser la clause de sauvegarde dès lors que la sensibilité du milieu le justifie.